På trods af at finanskrisen var sat ind i slutningen af 2008, findes der stadig gode årsresultater. Frederikshavn Havn har offentliggjort årsresultatet og ud af en omsætning på 50 millioner blev det til et pænt overskud på 18 millioner kroner.

Indtægterne kommer primært fra Skibs- og vareafgifter, hvor det har været udslagsgivende at skibene, der er kommet til havnen generelt har været større.

På bil- og passagerafgifter samt færgetrafikken, har man dog tydeligt kunnet mærke at Color Line ikke længere opererer i havnen.